Première rencontre décisive entre les deux équipes et première bisbille... En 1943, l'OM, déjà bardé de trophés, affrontent les Girondins qui a remporté la Coupe de France deux ans plus tôt (contre le FC Fives, 2-0). Le 9 mai, les 22 acteurs quittent le stade Yves du Manoir de Colombes sur un match nul 2-2. Comme le veut la règle en vigueur à cette période, le match est à rejouer vingt jours plus tard. Mais les Bordelais ayant aligné un joueur non-qualifié, l'OM aurait dû gagner sur tapis vert. Le colonel Pasquot, ministre des Sports, passe outre le règlement et décide de maintenir la rencontre. Avant celle-ci, il s'adresse aux joueurs : "C'est parce que le sport est une lutte loyale que je ne peux admettre qu'il trouve ses décisions ailleurs que sur le terrain de jeu. Je crois que vous m'avez compris. Bonne chance!" L'honneur est sauf puisque les Olympiens écrasent les Girondins (4-0).

Curieusement, ce succès marque le début de la plus grande période de disette de l'histoire de l'Olympique de Marseille. Il faudra attendre un quart de siècle pour que la Coupe de France reprenne le chemin de la Canebière grâce à une victoire sur... Bordeaux. Cette finale 1969 ne s'est pas déroulée sans heurts. Le défenseur Guy Calleja, capitaine de l'équipe girondine, doute de la régularité de la participation des trois étrangers de l'OM dont celle de Roger Magnusson, qui illumine la finale. Celle-ci est remportée par les Phocéens (2-0) grâce à deux buts dans les dix dernières minutes. Les Bordelais, deuxième du championnat, perdent leur sixième finale de Coupe de France. Les Marseillais, lanterne rouge à mi-parcours terminent 12ème et s'adjugent leur septième Coupe de France. "Je crois que jamais une équipe n'avait eu autant envie d'enlever la Coupe", dira après le match Mario Zatelli. L'entraîneur emblématique était déjà surmotivé quelques jours avant cette rencontre, comme on l'entend dans cette archive de l'INA. "De tous temps, les rencontre Marseille-Bordeaux ont été très disputées", prévoyait aussi le coach de Bordeaux Jean-Pierre Bakrim.

Les deux équipes déclinent vers la moitié des années 70, période au cours de laquelle Saint-Etienne truste les titres. L'arrivée du tonitruant Claude Bez à la présidence de Bordeaux en 1979 redonne de l'ambition au club, pendant que Marseille traverse une période noire marquée par une relégation en 1980 et une liquidation judiciaire l'année suivante. Porté à bout de bras par les Minots, l'OM remonte en D1 et parvient à se qualifier pour la finale de la Coupe de France 1986 face à... Bordeaux.
Les deux saisons précédentes, le club entraîné par Aimé Jacquet a été sacré champion. Les "Marine et Blanc" sont ultra-favoris face à l'équipe marseillaise en pleine construction. Bernard Tapie, qui vient tout juste d'arriver au club, s'attire une première fois les foudres de son homologue en tentant de négocier avec le milieu Jean Tigana peu de temps avant cette finale. Le président de Bordeaux traite Nanard d'"escroc" et de "charlatan".
Les vaillants phocéens parviennent jusqu'aux prolongations (1-1). Alors que l'on pense que la décision se fera aux tirs au but, le Bordelais Alain Giresse inscrit un bijou de lob (117e minute). Les Marseillais sont furieux car au cours de l'action, l'arbitre Joël Quiniou n'a pas sifflé une faute de Uwe Reinders, pourtant signalée par son assistant.

La saison suivante (1986-1987), les deux équipes son à nouveau compétitive en même temps. Officiellement à la tête de l'OM, Bernard Tapie ne cache pas sa volonté de stopper l'hégémonie bordelaise et chippe au club de l'Aquitaine sa star Alain Giresse avant le début de la saison. Un coup de trafalgar du milieu fidèle aux Girondins depuis 16 ans que ne digère pas Claude Bez : "On ne le regrettera pas ici, Giresse est un joueur fini !" En championnat, l'OM est en tête avant d'affronter son rival au stade Lescure le 11 avril 1987 (31e journée). Le match dégénère à cause des anciens coéquipiers de Giresse qui le prennent pour cible. Après un tacle scandaleux de Gernot Rohr (22e minute), le Bordelais est expulsé. Mais le phocéen Alou Diallo venge le milieu de l'équipe de France et se fait sortir à son tour. Bordeaux gagne 3-0, passe devant l'OM et s'adjuge le titre avec quatre points d'avance sur les coéquipiers du jeune Jean-Pierre Papin. Voir un résumé du match entre la 40e seconde et 1'15 de ce reportage de Canal +.